En mi caso, estoy hablando de Fedora 14. No sé si será el caso del resto de las distribuciones.
Bien, la cosa igual es MUY fácil :)
Nos logueamos como root en la terminal, y luego anteponemos sudo al nombre de la aplicación:
sudo nautilus
ó
sudo gedit
Listo, se abren dichas aplicaciones como root! :)
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